在氣相色譜儀操作過程中，檢測器有時會被流失的固定相及樣品中的高沸點成分、易分解或有腐蝕性的物質玷污。此時應對檢測器進行清洗。
清洗時可分三種情況：
一種是玷污物質僅限于高沸點成分，通常可將氣相色譜儀檢測器加熱到蕞高使用溫度后，再通入載氣，即可清除。
二是檢測器僅存在程度較輕的玷污，此時可用蒸汽清洗的方法。過程是在進樣口注入幾十微升蒸餾水或丙酮等溶劑，待1~2小時后，檢查基線是否平穩(wěn)即可。
三是在上述兩種簡單方法不能解決問題時所采用的徹底清洗方法，此方法要求拆裝檢測器，同時還要選擇適宜的溶劑，即所選擇的溶劑，既要能溶解玷污物，又不對檢測器造成新的污染和損壞。此時清洗過后的部件不要直接用手摸。
1、熱導檢測器（TCD）的清洗
TCD檢測器在使用過程中可能會被柱流出的沉積物或樣品中夾帶的其他物質所污染。TCD檢測器一旦被污染，儀器的基線出現(xiàn)抖動、噪聲增加。有必要對檢測器進行清洗。
歐美的TCD檢測器可以采用熱清洗的方法，具體方法如下：關閉檢測器，把柱子從檢測器接頭上拆下，把柱箱內檢測器的接頭用死堵堵死，將參考氣的流量設置到20～30 ml／min，設置檢測器溫度為400℃，熱清洗4-8 h，降溫后即可使用。
國產或日產TCD檢測器污染可用以下方法。儀器停機后，將TCD的氣路進口拆下，用50mL注射器依次將丙酮 ( 或甲苯，可根據樣品的化學性質選用不同的溶劑 ) 無水乙醇、蒸餾水從進氣¨反復注入5～10次，用吸爾球從進氣口處緩慢吹氣，吹出雜質和殘余液體，然后重新安裝好進氣接頭，開機后將柱溫升到200℃，檢測器溫度升到250℃，通人比分析操作氣流大1～2倍的載氣，直到基線穩(wěn)定為止。對于嚴重污染，可將出氣口用死堵堵死，從進氣口注滿丙酮 ( 或甲苯，可根據樣品的化學性質選用不同的溶劑 ) ，保持8 h左右，排出廢液，然后按上述方法處理。
當選用一種溶劑不能洗凈時，可根據玷污物的性質先選用高沸點溶劑進行浸泡清洗，然后再用低沸點溶劑反復清洗。洗凈后，加熱趕去溶劑，將檢測器裝回到儀器上，再加熱通載氣沖洗數小時后，即可使用。
2、氫火焰離子化檢測器（FID）的清洗
當FID玷污不太嚴重時，可不必卸下清洗，此時只需要將色譜柱取下，用一根管子將進樣口與檢測器聯(lián)接起來，然后通載氣將檢測器恒溫升至120℃以上。再從進樣口中注入20微升左右的蒸餾水，接著再用幾十微升乙醇或氟里昂113溶劑進行清洗（用丙酮也可，但應注意，有的色譜儀氫焰室中噴嘴不適宜用丙酮清洗）。在此溫度下保持1~2小時檢查基線是否平穩(wěn)，若仍不理想，可重復上述操作或按下面方法處理。
當玷污比較嚴重時，須拆下檢測器清洗。方法是先拆下收集極、極化極、噴嘴等，若噴嘴是石英材料制成的，先將其放在水中進行浸泡過夜；若噴嘴是不銹鋼等材料做成，則可與電極等一起，先小心用300~400號細砂紙打磨，再用適當溶劑（ 如1：1的甲醇與苯 ）進行浸泡。也可用超聲波清洗，最后用甲醇洗凈，放置于烘箱中烘干。注意勿用氯仿、二氯甲烷一類的含鹵素的溶劑。以免與聚乙烯材料作用，導致噪聲增加。
清洗后的各部件，要用鑷子取，勿用手摸。烘干后裝配時也要小心，否則會再度玷污。裝入儀器后，先通載氣半小時，再點火升高檢測室溫度，蕞好先在120℃保持幾小時之后，再升至工作溫度。
氣相色譜儀是一般實驗室常用的分析儀器，對氣相色譜儀的維護和保養(yǎng)是各實驗室經常遇到的問題。但是，因為具體情況不同，污染物及工作環(huán)境的差異，各實驗室所采用的處理方法可能有所不同。
正確的對儀器進行維護和保養(yǎng)，可增加儀器的使用壽命，減少儀器的故障率，保障分析工作的順利進行。尤其是工廠實驗室，經常對儀器進行維護和保養(yǎng)是化驗室一項必不可少的工作，甚至影響企業(yè)的生產和經濟效益。