流動相不同：
HPLC為液體流動相，GC為*性氣體作流動相（通常叫做載氣）
進樣器不同：
液相為平頭進樣針，氣相色譜為尖頭進樣針
色譜柱長不同：
氣相色譜柱通常幾米到幾十米（氣相色譜由于載氣的相對分析量較低，分子間隙大，故粘度低，流動性好，組分在氣相中流動速度快，因此可以增加柱長，以提高柱效）。
液相色譜柱通常為幾十到幾百毫米
分析種類有差異：
氣相色譜分析的對象多為（不適）：分子質(zhì)量小于1000，低沸點，易揮發(fā)，熱穩(wěn)定性好的化合物。
液相色譜：更適用于分析高沸點，難揮發(fā)，熱穩(wěn)定性差，分子質(zhì)量較大（1000 – -2000）的液體化合物。
樣品柱前變化不同：
氣相色譜的樣品在柱前必須變?yōu)闅怏w（氣化室汽化），而液相色譜的樣品在柱前則無變化。
所用檢測器有差異：
液相主要為：紫外檢測器，熒光檢測器、示差折光檢測器…..
氣相色譜主要為：氫火焰離子化檢測器（FID）,熱導檢測器（TCD）,電子捕獲檢測器（ECD）,火焰光度檢測器（FPD）,氮磷檢測器（NPD）…..
氣相色譜儀跟液相色譜儀的相同點：基本原理相同。
都是利用物質(zhì)在流動相和固定相中的分配系數(shù)的差別，從而在兩相間反復多次（1000-1000000次，甚至更多）的分配，使原來分配系數(shù)差別很小的各組分分離開來。
氣相色譜儀的氣相色譜法zui早出現(xiàn)于1952年，雖然比液相色譜晚了50年，但現(xiàn)已成為分離科學中較為成熟、使用zui普遍、運行zui容易的一種分離分析方法。它具有以下幾個特點：
分離效率高，分離速度快，操作簡便。由于氣體粘度小，用其作為流動相時樣品組分在兩相之間可很快進行分配：氣體通過盛有固定相管柱的阻力小，因此分離速度快。一根長1——2m的色譜柱，一般可有幾千個理論塔板，對于長柱，甚至有一百多萬個理論塔板，這樣就可使一些分配系數(shù)很接近的、難以分離的物質(zhì)，經(jīng)過多次分配平衡，得到分離。
樣品用量少，檢測靈敏度高。由于樣品是在氣態(tài)下分離和在氣體中進行檢測的，有許多高靈敏度的檢測器可供使用，雖樣品用量少也能檢測出來。氣相色譜可以檢測出pg級的物質(zhì)。
選擇性好。可選擇對樣品組分有不同作用力的液體、固體作為固定相，在適當操作溫度下，使組分的分配系數(shù)有較大差異，從而將物理、化學性質(zhì)相近的組分分離開。氣相色譜法既可以應用于分析氣體試樣，也可分析易揮發(fā)或可轉(zhuǎn)化為易揮發(fā)的液體和固體，不僅可分析有機物，也可分析部分無機物。
