1、即便是最干凈的樣品也會(huì)含有痕量或微量的非揮發(fā)或半揮發(fā)性物質(zhì)。在反復(fù)的多次進(jìn)樣后，無論是干凈的或是相對(duì)較臟的樣品都會(huì)有非揮發(fā)性的雜質(zhì)沉積在色譜柱的入口端內(nèi)表面。
2、色譜柱的柱前幾米對(duì)于樣品是很重要的，在程序升溫的分析過程中，樣品譜帶首先堆積在這一段上，所以大部分的保留也是在這一段產(chǎn)生。
3、柱內(nèi)污染物的存在會(huì)導(dǎo)致一系列的問題：峰型變差，柱效降低，前后兩次進(jìn)樣的峰面積再現(xiàn)性差，這都是由于污染物的存在，使固定相對(duì)樣品的保留（吸附或吸收）不同所致。
4、半揮發(fā)性的雜質(zhì)也會(huì)導(dǎo)致峰型變差，因?yàn)樗麄儠?huì)聚集在柱頭，干擾流動(dòng)相和固定相之間的正常分配和樣品譜帶的結(jié)構(gòu)。
5、用一個(gè)色譜柱測(cè)試液（醇類混合溶液）可以更深入的研究半揮發(fā)性雜質(zhì)存在的影響。如果柱內(nèi)吸附有半揮發(fā)性雜質(zhì)或存在活性部位，醇類會(huì)有明顯的拖尾，而且保留時(shí)間長的醇（較后流出、揮發(fā)性較低）的拖尾現(xiàn)象更加嚴(yán)重。但若經(jīng)測(cè)試，醇類沒有拖尾現(xiàn)象，則可認(rèn)為色譜柱還未被污染。
6、即便在樣品提取和準(zhǔn)備時(shí)很仔細(xì)小心，但處理后的樣品中仍會(huì)含有半揮發(fā)性或不揮發(fā)的雜質(zhì)，即便其含量很小。但好的樣品前處理方式和使用清潔的容器還是能減少進(jìn)樣帶入系統(tǒng)的污染物。
7、可使用預(yù)柱來保護(hù)色譜柱，或在色譜柱前接一段1至5米長的未涂敷硅土柱，用以捕獲那些半揮發(fā)性及非揮發(fā)性的雜質(zhì)。
8、將色譜柱的進(jìn)樣端截去0.5至1米，通常也會(huì)解決或者部分的解決這個(gè)問題。
色譜柱固定相流失嚴(yán)重以致無法達(dá)到所需的柱效或分離度：
1、隨著時(shí)間的推移，固定相隨自然流失過程從色譜柱損失。流失速率取決于對(duì)色譜柱的保護(hù)和膜厚度以及固定相的極性。
2、在某種程度上，即使是系統(tǒng)定義的適用性或正在運(yùn)行一般需求的分析，色譜柱仍然無法達(dá)到分析要求。需要對(duì)色譜柱進(jìn)行老化處理的癥狀包括峰形變差和柱效降低 (峰加寬)。
3、大多數(shù)情況下，柱效能可以通過割掉柱前約0.5-1米長的色譜柱來進(jìn)行修復(fù)，這樣做可以有效地去掉由于熱降解反應(yīng)損壞的色譜柱部分。如果反復(fù)裁剪(×3)色譜柱仍無效果，有可能顛倒柱前柱后可能會(huì)有類似的恢復(fù)效果。如果以上措施都不能修復(fù)，則需要更換色譜柱。
4、在某些情況下，在柱前接一個(gè)保護(hù)柱(0.5-5米長未涂層的石英毛細(xì)管)，可以用來延長分析柱的使用壽命。